Boc-3-(2-pyridyl)-L-alanine ถูกนำมาใช้โดยหลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยทำหน้าที่เป็นอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน กลุ่ม Boc (tert-butoxycarbonyl) ช่วยปกป้องกลุ่มฟังก์ชันอะมิโนในระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ เพื่อป้องกันปฏิกิริยาไม่พึงประสงค์ สารนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสร้างเปปไทด์ที่มีคุณสมบัติโครงสร้างหรือหน้าที่เฉพาะเจาะจง มักใช้ในงานวิจัยและการพัฒนายา กลุ่ม pyridyl ของมันสามารถนำเสนอปฏิกิริยาที่ไม่เหมือนใคร เช่น การประสานกับโลหะหรือการจับกันด้วยพันธะไฮโดรเจน ซึ่งช่วยเพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพหรือความเสถียรของเปปไทด์ นอกจากนี้ยังใช้ในการศึกษาปฏิกิริยาเอนไซม์-ซับสเตรตและการพัฒนายาที่มีฐานเป็นเปปไทด์