(S)-6-(((Allyloxy)carbonyl)amino)-2-aminohexanoic acid hydrochloride ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยทำหน้าที่เป็นอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน โดยกลุ่ม allyloxycarbonyl (Alloc) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับหมู่อะมิโน ซึ่งช่วยให้สามารถถอดกลุ่มป้องกันได้อย่างเลือกสรรในการสังเคราะห์เปปไทด์ที่ซับซ้อน ทำให้สามารถนำกรดอะมิโนเฉพาะเจาะจงเข้าไปในตำแหน่งที่ต้องการโดยไม่เกิดปฏิกิริยาไม่พึงประสงค์ สารนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตาย (SPPS) ซึ่งช่วยในการสร้างเปปไทด์ด้วยความแม่นยำและความบริสุทธิ์สูง นอกจากนี้ รูปแบบ hydrochloride ยังช่วยเพิ่มความละลายในน้ำ ทำให้ใช้งานได้ง่ายในงานวิจัยทางชีวเคมีและเภสัชกรรมต่างๆ บทบาทของสารนี้ในการสังเคราะห์เปปไทด์มีส่วนช่วยในการพัฒนาเปปไทด์สำหรับบำบัด ผู้ยับยั้งเอนไซม์ และโมเลกุลชีวภาพที่ใช้งานได้อื่นๆ