H-D-Trp(Boc)-OH ใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในการผลิตยาที่มีฐานเป็นเปปไทด์ สารนี้มีบทบาทสำคัญในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตาย (SPPS) โดยการป้องกันกลุ่มข้างของทริปโตเฟนระหว่างการประกอบโซ่เปปไทด์ สารนี้จำเป็นสำหรับการสร้างเปปไทด์ที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะ เช่น อนุพันธ์ฮอร์โมนหรือตัวยับยั้งเอนไซม์ การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงการวิจัยทางชีวเคมีและเคมียา เพื่อช่วยในการศึกษากโครงสร้างและหน้าที่ของเปปไทด์ นอกจากนี้ ยังใช้ในการพัฒนาเปปไทด์บำบัดสำหรับรักษาโรคต่าง ๆ รวมถึงมะเร็งและโรคเมแทบอลิซึม