สารเคมีนี้ถูกนำมาใช้หลักๆ ในสาขาการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยทำหน้าที่เป็นอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน กลุ่ม fluorenylmethoxycarbonyl (Fmoc) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันชั่วคราวสำหรับหมู่ฟังก์ชันอะมิโน ซึ่งช่วยให้สามารถกำจัดป้องกันแบบเลือกเพศได้ในระหว่างการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตะกอน กลุ่ม tert-butoxy บนวงแหวนฟีนิลให้การป้องกันเพิ่มเติมสำหรับสายข้าง ทำให้มั่นคงในระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ การประยุกต์ใช้ของมันมีความสำคัญในการผลิตเปปไทด์ที่ซับซ้อน โดยเฉพาะในงานวิจัยและพัฒนายาในเภสัชกรรม ซึ่งต้องการการควบคุมลำดับเปปไทด์อย่างแม่นยำ โครงสร้างของสารช่วยให้สามารถรวมเข้าในโซ่เปปไทด์ได้อย่างมีประสิทธิภาพ ในขณะที่รักษาความสมบูรณ์ของหมู่ฟังก์ชันที่อ่อนไหว