Fmoc-Orn(Trt)-OH ใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกระบวนการ Solid-phase peptide synthesis (SPPS) ซึ่งเป็นวิธีการสร้างเปปไทด์ที่นิยมใช้ในห้องปฏิบัติการเคมีและชีวเคมี กลุ่ม Fmoc (Fluorenylmethyloxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับหมู่เอมีโน ในขณะที่กลุ่ม Trt (Trityl) ปกป้องหมู่เอมีโนด้านข้างของออร์นิธีน การใช้สารนี้ช่วยให้สามารถควบคุมการสังเคราะห์เปปไทด์ได้อย่างแม่นยำ และสามารถนำออกได้ง่ายหลังจากการสังเคราะห์เสร็จสิ้น นอกจากนี้ ยังใช้ในการวิจัยทางเภสัชกรรมเพื่อพัฒนายาและสารชีวโมเลกุลที่มีประสิทธิภาพ