สารเคมีนี้ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน โดยทำหน้าที่เป็นหน่วยสร้าง (building block) สำหรับการประกอบเปปไทด์ โดยเฉพาะในวิธีการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสของแข็ง (solid-phase peptide synthesis: SPPS) กลุ่มฟลูออเรนิลเมท็อกซี่คาร์บอนิล (Fmoc) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับหมู่เอมีน เพื่อให้เกิดปฏิกิริยาแบบเลือกสรรระหว่างการประกอบโซ่เปปไทด์ ส่วนของกรดไตรฟลูออโรเพนเทนโออิก (trifluoropentanoic acid) สามารถนำคุณสมบัติเฉพาะเข้าสู่เปปไทด์ เช่น ความเสถียรที่เพิ่มขึ้นหรือปฏิกิริยาที่ไม่เหมือนใครในระบบชีวภาพ สารนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนาเปปไทด์สำหรับการวิจัยเภสัชกรรม ซึ่งต้องการการควบคุมโครงสร้างและหน้าที่อย่างแม่นยำ นอกจากนี้ ยังประยุกต์ใช้ในการศึกษาปฏิกิริยาระหว่างโปรตีน-โปรตีนและการออกแบบยาที่ขึ้นอยู่กับเปปไทด์