Fmoc-Ser(Allyl)-OH มักใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) กลุ่ม Fmoc ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับหมู่อะมิโน ในขณะที่กลุ่ม Allyl ปกป้องหมู่ไฮดรอกซิลของซีรีน ทำให้สามารถควบคุมการเกิดปฏิกิริยาได้อย่างแม่นยำ เมื่อเสร็จสิ้นการสังเคราะห์ กลุ่ม Allyl สามารถกำจัดออกได้โดยใช้สารเคมีเฉพาะ เช่น แพลเลเดียม เพื่อเปิดหมู่ไฮดรอกซิลสำหรับขั้นตอนต่อไป วัสดุนี้มีความสำคัญในการสร้างเปปไทด์ที่ซับซ้อนและใช้ในการวิจัยทางชีวเคมีและเภสัชวิทยา