สารประกอบนี้ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในวิธีการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสของแข็ง (Solid-Phase Peptide Synthesis, SPPS) มันทำหน้าที่เป็นอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน โดยที่กลุ่ม Fmoc (fluorenylmethyloxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันชั่วคราวสำหรับหมู่เอมีน การมีกลุ่มคลอโร 4 ตำแหน่งบนโซ่ข้างของโฮโมฟีนิลอะลานีนช่วยให้สามารถนำเสนอการปรับโครงสร้างหรือการทำงานเฉพาะเจาะจงในลำดับเปปไทด์ ทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนาเปปไทด์ที่มีคุณสมบัติที่ปรับแต่ง เช่น ความสามารถในการจับคู่ที่เพิ่มขึ้นหรือความเสถียร สำหรับการประยุกต์ใช้ในการค้นพบยา การวิจัยทางชีวเคมี และการศึกษาการโต้ตอบระหว่างโปรตีน-โปรตีน นอกจากนี้ การใช้สารนี้ยังช่วยในการสังเคราะห์เปปไทด์ที่มีกรดอะมิโนที่ไม่เป็นธรรมชาติ ขยายความหลากหลายของสารประกอบที่ขึ้นอยู่กับเปปไทด์สำหรับวัตถุประสงค์ทางบำบัดและการวิจัย