สารนี้มีการใช้งานหลักในด้านการสังเคราะห์เปปไทด์และโปรตีน โดยเฉพาะในกระบวนการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) ซึ่งเป็นเทคนิคที่ใช้ในการสร้างเปปไทด์อย่างมีประสิทธิภาพ กลุ่มฟลูออเรนิลเมทอกซีคาร์บอนิล (Fmoc) ที่อยู่ในโครงสร้างของสารนี้ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกัน (protecting group) สำหรับหมู่อะมิโน ช่วยให้สามารถควบคุมการสร้างพันธะเปปไทด์ได้อย่างแม่นยำ นอกจากนี้ ส่วนของโบรโมไทโอฟีนในโมเลกุลยังสามารถใช้ในการปรับเปลี่ยนหรือเพิ่มฟังก์ชันการทำงานของเปปไทด์ที่สังเคราะห์ได้ สารนี้จึงมีบทบาทสำคัญในงานวิจัยทางเคมีและชีววิทยา โดยเฉพาะในการพัฒนายาและสารชีวโมเลกุลใหม่ๆ