สารเคมีนี้ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน กลุ่มฟลูออเรนิลเมทอกซีคาร์บอนิล (Fmoc) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับฟังก์ชันอะมิโน ช่วยให้สามารถถอดการป้องกันแบบเลือกเพศได้ในระหว่างการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตายตัว สารนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์และโปรตีนที่ซับซ้อน ซึ่งต้องการการควบคุมการจับคู่กรดอะมิโนอย่างแม่นยำ โครงสร้างของมันซึ่งมีกลุ่มไซยาโนฟีนิล สามารถนำมาใช้เพื่อแนะนำคุณสมบัติเฉพาะเข้าไปในเปปไทด์ เช่น ความเสถียรที่เพิ่มขึ้นหรือปฏิกิริยาที่ไม่เหมือนใครกับเป้าหมายทางชีวภาพ นอกจากนี้ ยังอาจใช้ในการพัฒนายาชนิดเปปไทด์ โดยที่กลุ่ม Fmoc ช่วยให้การประกอบโซ่เปปไทด์มีประสิทธิภาพและควบคุมได้