สารเคมีนี้ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน กลุ่มฟลูออเรนิลเมท็อกซีคาร์บอนิล (Fmoc) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับหมู่ฟังก์ชันอะมิโน เพื่อให้เกิดปฏิกิริยาที่เลือกเฉพาะระหว่างการประกอบโซ่เปปไทด์ กลุ่มไนโตรบนวงแหวนฟีนิลสามารถใช้เป็นจุดจับสำหรับการดัดแปลงทางเคมีเพิ่มเติมหรือเป็นป้ายกำกับสำหรับการตรวจสอบปฏิกิริยา การประยุกต์ใช้ของมันมีความสำคัญในสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตะกอน ซึ่งช่วยในการก่อสร้างเปปไทด์แบบขั้นตอนด้วยความแม่นยำสูงและปฏิกิริยาเคียงน้อย นอกจากนี้ อาจใช้ในการพัฒนายาเฉพาะที่เป็นเปปไทด์หรือเครื่องมือวิจัยทางชีวเคมี