สารประกอบนี้ถูกนำมาใช้หลักๆ ในสาขาเคมียารักษาและการวิจัยทางเภสัชศาสตร์ โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลที่ซับซ้อน โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการปรับเปลี่ยนเปปไทด์ โครงสร้างที่มีกลุ่ม perfluorophenyl ทำให้มีคุณค่าในการนำเอาโมติฟฟลูออรีนเข้าไปในยาตัวสมัคร ซึ่งสามารถเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมทางชีวภาพ นอกจากนี้ กลุ่มปกป้อง tert-butoxycarbonyl (Boc) ช่วยให้สามารถถอดออกได้อย่างเลือกสรรในกระบวนการสังเคราะห์หลายขั้นตอน ทำให้สามารถสร้างสารเป้าหมายได้อย่างแม่นยำ การประยุกต์ใช้โดยเฉพาะอย่างยิ่งเกี่ยวข้องกับการพัฒนาอนุพันธ์กรดอะมิโนฟลูออรีน ซึ่งมีความสำคัญมากขึ้นในการออกแบบยารักษาและโปรบภาพ