สารเคมีนี้ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยทำหน้าที่เป็นอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน มีคุณค่าอย่างยิ่งในกระบวนการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) ซึ่งเป็นวิธีที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในการสร้างเปปไทด์และโปรตีน กลุ่ม fluorenylmethoxycarbonyl (Fmoc) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับฟังก์ชันเอมีโน เพื่อให้มั่นใจในการทำปฏิกิริยาแบบเลือกเพศในกระบวนการสังเคราะห์ กลุ่ม 1-(4,4-dimethyl-2,6-dioxocyclohexylidene)ethyl (Dde) ป้องกันกลุ่มเอมีโนของสายข้าง อนุญาตให้ใช้กลยุทธ์การถอดป้องกันแบบ orthogonal การป้องกันแบบคู่นี้ช่วยให้ควบคุมการประกอบลำดับเปปไทด์ที่ซับซ้อนได้อย่างแม่นยำ ทำให้เป็นเครื่องมือสำคัญในการพัฒนายา เปปไทด์ชีวภาพ และตัวเร่งปฏิกิริยาวิจัย การประยุกต์ใช้ของมันจำเป็นในการผลิตเปปไทด์ที่มีความบริสุทธิ์และเฉพาะเจาะจงสูง ซึ่งสำคัญสำหรับการค้นพบยาและการศึกษาทางชีวเคมี