Fmoc-Cys(Me)-OH ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในการปกป้องกลุ่มไทออลของซิสเตอีนในระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ เนื่องจากกลุ่ม Fmoc (Fluorenylmethyloxycarbonyl) สามารถถอดออกได้ง่ายด้วยเบส ทำให้เหมาะสมสำหรับการสังเคราะห์เปปไทด์แบบ solid-phase peptide synthesis (SPPS) นอกจากนี้ กลุ่มเมทิลที่ต่อกับซัลเฟอร์ยังช่วยป้องกันการเกิดออกซิเดชันของซิสเตอีน ซึ่งเป็นปัญหาทั่วไปในการสังเคราะห์เปปไทด์ที่มีซิสเตอีนเป็นส่วนประกอบ ดังนั้น Fmoc-Cys(Me)-OH จึงเป็นสารเคมีที่สำคัญในการผลิตเปปไทด์ที่มีความซับซ้อนและมีความเสถียรสูง