N-Fmoc-5-methoxy-D-tryptophan ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในการสังเคราะห์เปปไทด์แบบของแข็ง (Solid-phase peptide synthesis: SPPS) เนื่องจากกลุ่ม Fmoc (Fluorenylmethyloxycarbonyl) ที่ติดอยู่สามารถป้องกันกลุ่มอะมิโนในระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ และสามารถกำจัดออกได้ง่ายโดยใช้เบส เช่น ไพเปอริดีน ทำให้การสร้างเปปไทด์ที่มีโครงสร้างซับซ้อนเป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ กลุ่ม methoxy ที่ตำแหน่ง 5 ของทริปโตเฟนยังช่วยเพิ่มความเสถียรและปรับปรุงคุณสมบัติทางชีวภาพของเปปไทด์ที่สังเคราะห์ได้ ทำให้สารนี้มีประโยชน์ในการวิจัยและพัฒนายา รวมถึงการศึกษาปฏิสัมพันธ์ของโปรตีนและเปปไทด์ในทางชีววิทยาโมเลกุล