สารนี้ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) ซึ่งเป็นเทคนิคที่ใช้ในการสร้างเปปไทด์อย่างมีประสิทธิภาพ โดย Fmoc-Cys(3-(Boc-amino)-propyl)-OH ทำหน้าที่เป็นหน่วยสร้างที่สำคัญในการนำกรดอะมิโนซีสเตอีนเข้าสู่สายเปปไทด์ โดยที่กลุ่ม Fmoc (Fluorenylmethyloxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันที่สามารถกำจัดออกได้ง่ายในขั้นตอนการสังเคราะห์ ส่วนกลุ่ม Boc (tert-Butyloxycarbonyl) ทำหน้าที่ป้องกันกลุ่มอะมิโนในส่วนข้างของซีสเตอีน ซึ่งช่วยให้สามารถควบคุมการเกิดปฏิกิริยาได้อย่างแม่นยำ นอกจากนี้ สารนี้ยังมีความสำคัญในการสร้างเปปไทด์ที่มีโครงสร้างซับซ้อนหรือมีการปรับเปลี่ยนทางเคมีเฉพาะที่ เช่น การสร้างเปปไทด์ที่มีการเชื่อมโยงด้วยพันธะไดซัลไฟด์ ซึ่งเป็นโครงสร้างที่พบได้บ่อยในโปรตีนและเปปไทด์ที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ