สารเคมีนี้ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในวิธีการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตายตัว (Solid-phase peptide synthesis: SPPS) มันทำหน้าที่เป็นอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน โดยซึ่งกลุ่ม FMOC ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันชั่วคราวสำหรับหมู่อะมิโน และกลุ่ม BOC ป้องกันโซ่ข้างอิมาดาโซลของฮิสติ딘 กลยุทธ์การป้องกันนี้มีความสำคัญในการป้องกันปฏิกิริยาข้างเคียงที่ไม่พึงประสงค์ระหว่างกระบวนการประกอบเปปไทด์ มันถูกนำมาใช้อย่างทั่วไปในการผลิตเปปไทด์ที่กำหนดเองสำหรับการวิจัยในชีวเคมีเภสัชวิทยา และการพัฒนายา นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการสังเคราะห์ยาที่มีฐานเป็นเปปไทด์ วัคซีน และตัวแทนวินิจฉัย ซึ่งการควบคุมการรวมกรดอะมิโนอย่างแม่นยำเป็นสิ่งจำเป็น ความเสถียรและความเข้ากันได้กับโปรโตคอล SPPS ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าในสาขาเคมีเปปไทด์