Fmoc-Hyp(Bzl)-OH ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในขั้นตอนของการสร้างสายเปปไทด์แบบของแข็ง (Solid-phase peptide synthesis, SPPS) เนื่องจากกลุ่ม Fmoc ที่มีอยู่ช่วยในการป้องกันกลุ่มฟังก์ชันของกรดอะมิโนระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ นอกจากนี้ กลุ่ม Bzl (เบนซิล) ที่ติดอยู่กับไฮดรอกซีโปรลีน (Hyp) ยังช่วยป้องกันกลุ่มไฮดรอกซิลไม่ให้เกิดปฏิกิริยาที่ไม่ต้องการในระหว่างการสังเคราะห์ หลังจากการสังเคราะห์เสร็จสิ้น กลุ่มป้องกันเหล่านี้สามารถถูกกำจัดออกได้อย่างง่ายดาย ทำให้ Fmoc-Hyp(Bzl)-OH เป็นสารตั้งต้นที่สำคัญในการผลิตเปปไทด์ที่มีโครงสร้างซับซ้อนและมีความเฉพาะทางสูง