Fmoc-D-Pen(Trt)-OH ใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการ Solid-phase peptide synthesis (SPPS) ซึ่งเป็นเทคนิคที่นิยมในการสร้างสายเปปไทด์อย่างแม่นยำ กลุ่ม Fmoc (Fluorenylmethyloxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันชั่วคราวสำหรับหมู่อะมิโน ในขณะที่กลุ่ม Trt (Trityl) ช่วยป้องกันกลุ่มไทออลในกรดอะมิโนเพนิซิลลามีน (Pen) ซึ่งเป็นสิ่งสำคัญในการควบคุมการเกิดปฏิกิริยาข้ามระหว่างการสังเคราะห์ นอกจากนี้ ยังใช้ในการวิจัยทางชีวเคมีและเภสัชวิทยาเพื่อพัฒนาสารประกอบเปปไทด์ที่มีศักยภาพในการรักษาโรค