โปรตีเนส K ถูกใช้อย่างแพร่หลายในกระบวนการทางชีววิทยาโมเลกุล โดยเฉพาะในการแยก DNA และ RNA จากตัวอย่างทางชีวภาพ เนื่องจากมีความสามารถในการย่อยสลายโปรตีนที่ปนเปื้อนได้อย่างมีประสิทธิภาพ ทำให้ได้สารพันธุกรรมที่บริสุทธิ์และเหมาะสมสำหรับการวิเคราะห์ต่อไป เช่น PCR, การถอดรหัสลำดับ และการโคลน นอกจากนี้ยังถูกนำไปใช้ในกระบวนการแยกเนื้อเยื่อเพื่อย่อยสลายโครงสร้างเซลล์ อำนวยความสะดวกในการแยกเซลล์หรือส่วนประกอบเฉพาะ และมีบทบาทสำคัญในงานวิจัยทางนิติวิทยาศาสตร์ เพื่อช่วยในการแยก DNA จากตัวอย่างที่อาจมีความซับซ้อนหรือมีสภาพไม่เหมาะสม เช่น ตัวอย่างที่เสื่อมสภาพหรือมีสิ่งเจือปนมาก ความสามารถในการทำงานที่แข็งแกร่งในสภาวะต่างๆ รวมถึงในที่มีสารลดแรงตึงผิวและสารทำให้เกิดการแตกตัว ทำให้เป็นเครื่องมือที่หลากหลายในงานวิจัยห้องปฏิบัติการ