Carboxypeptidase B แบบรีคอมบิแนนต์ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมเภสัชชีวภาพสำหรับการกำจัดกรดอะมิโนเบสิกที่ปลาย C-terminal เช่น ไลซีนและอาร์จินีน จากโปรตีนและเปปไทด์ มันมีบทบาทสำคัญในการทำให้บริสุทธิ์โปรตีนบำบัดแบบรีคอมบิแนนต์ โดยรับประกันการประมวลผล C-terminal ที่ถูกต้องและปรับปรุงความเป็นเนื้อเดียวกันของผลิตภัณฑ์ เอนไซม์นี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการผลิตอินซูลินและฮอร์โมนเปปไทด์อื่นๆ ที่ซึ่งการประมวลผลเอนไซม์ที่แม่นยำจำเป็นสำหรับกิจกรรมทางชีวภาพ

นอกจากนี้ยังถูกนำมาใช้ในกระบวนการเพาะเลี้ยงเซลล์ โดยเฉพาะในการกระตุ้นโปรเอนไซม์บางชนิดหรือในการตัดฟิวชันโปรตีนหลังจากโครมาโตกราฟีแบบแอฟฟินิตี เนื่องจากความจำเพาะสูงและแหล่งกำเนิดแบบรีคอมบิแนนต์ มันช่วยลดความเสี่ยงจากการปนเปื้อนจากเอนไซม์ที่ได้จากสัตว์และสนับสนุนกระบวนการผลิตที่แข็งแกร่ง ขยายขนาดได้ และสม่ำเสมอในสภาพแวดล้อม GMP นอกจากนี้ยังถูกใช้ในขั้นตอนการวิเคราะห์สำหรับการจำแนกประเภทโปรตีน รวมถึงสเปกโตรเมตรีมวลสาร ซึ่งการตัดที่แม่นยำจำเป็นสำหรับการจัดลำดับและการวิเคราะห์การดัดแปลงหลังการแปล