เอนไซม์เปปติเดส (Peptidase) เป็นเอนไซม์ที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมต่างๆ เนื่องจากความสามารถในการย่อยโปรตีนให้เป็นเปปไทด์หรือกรดอะมิโนขนาดเล็ก ในอุตสาหกรรมอาหาร ใช้เพื่อปรับปรุงเนื้อสัมผัส รสชาติ และความสามารถในการย่อยของผลิตภัณฑ์ เช่น ชีส เนื้อสัตว์ และโปรตีนจากพืช รวมถึงมีบทบาทสำคัญในการผลิตโปรตีนไฮโดรไลเซตสำหรับนมผงเด็กและโภชนาการสำหรับนักกีฬา

ในภาคเภสัชกรรม เปปติเดสมีส่วนร่วมในการพัฒนายา โดยเฉพาะการสังเคราะห์และปรับเปลี่ยนยาที่มีฐานเป็นเปปไทด์ นอกจากนี้ยังใช้ในยาช่วยย่อยอาหารเพื่อรักษาการขาดเอนไซม์และสนับสนุนสุขภาพทางเดินอาหาร

ในด้านชีวเทคโนโลยีและการวิจัย เปปติเดสเป็นเครื่องมือสำคัญสำหรับการจัดลำดับโปรตีน การเตรียมตัวอย่างสำหรับสเปกโตรเมตรีมวลรวม และการชำระล้างโปรตีนรีคอมบิแนนต์ โดยช่วยกำจัดแท็กความสัมพันธ์จากโปรตีนฟิวชันในกระบวนการหลังการผลิต

อุตสาหกรรมน้ำยาล้างทำความสะอาดนำเปปติเดสไปใช้ในสูตรน้ำยาซักผ้าและล้างจาน เพื่อย่อยคราบจากโปรตีน เช่น เลือด ไข่ และเหงื่อ ทำให้ทำความสะอาดได้มีประสิทธิภาพมากขึ้นที่อุณหภูมิต่ำ

นอกจากนี้ เปปติเดสยังใช้ในกระบวนการฟอกหนังเพื่อกำจัดขนและโปรตีนที่ไม่ใช่เส้นใยจากหนังสัตว์ ซึ่งเป็นทางเลือกที่เป็นมิตรต่อสิ่งแวดล้อมมากกว่าวิธีเคมี

โดยรวมแล้ว เปปติเดสมีบทบาทสำคัญในกระบวนการทางชีวภาพ โดยช่วยย่อยโปรตีนให้ร่างกายดูดซึมได้ง่าย และถูกนำไปประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรมอาหาร ยา ชีวเทคโนโลยี สิ่งทอ และฟอกหนัง เนื่องจากความสามารถในการย่อยพันธะเปปไทด์อย่างมีประสิทธิภาพและเฉพาะเจาะจง