โปรตีเอส เป็นเอนไซม์ที่มีบทบาทสำคัญในการย่อยสลายโปรตีน โดยมีการนำไปใช้ในหลากหลายอุตสาหกรรม เช่น ในอุตสาหกรรมซักผ้า โปรตีเอสช่วยย่อยคราบโปรตีนจากเลือด ไข่ หรือเหงื่อ ทำให้ผ้าสะอาดมากขึ้น อีกทั้งยังใช้ในอุตสาหกรรมอาหาร เช่น การผลิตชีส การทำน้ำปลา หรือซอสต่างๆ เพื่อช่วยเร่งกระบวนการย่อยโปรตีนให้เกิดรสชาติที่ดีขึ้น ในอุตสาหกรรมยาและเวชภัณฑ์ โปรตีเอสใช้ในการผลิตยาที่ช่วยย่อยอาหาร หรือยาที่ใช้รักษาแผล โดยช่วยกำจัดเนื้อเยื่อที่ตายแล้ว ในงานวิจัยทางชีววิทยา โปรตีเอสถูกใช้เพื่อตัดโปรตีนเฉพาะจุด เพื่อศึกษาโครงสร้างและหน้าที่ของโปรตีน นอกจากนี้ยังมีการใช้ในอุตสาหกรรมหนัง ในการกำจัดขนจากหนังสัตว์อย่างอ่อนโยน และในอุตสาหกรรมเกษตรกรรมเพื่อปรับปรุงคุณภาพของอาหารสัตว์ โดยช่วยให้สัตว์ย่อยโปรตีนได้ดีขึ้น