โปรตีเอสถูกใช้อย่างแพร่หลายในหลากหลายอุตสาหกรรม เนื่องจากมีความสามารถในการย่อยสลายโปรตีนเป็นเปปไทด์หรือกรดอะมิโนขนาดเล็ก

ในอุตสาหกรรมทำความสะอาด โปรตีเอสเป็นส่วนประกอบสำคัญในน้ำยาซักผ้าและน้ำยาล้างจาน ช่วยขจัดคราบจากโปรตีน เช่น เลือด ไข่ และเหงื่อ โดยย่อยสลายให้เป็นชิ้นส่วนที่ละลายน้ำได้ง่ายและล้างออกได้สะดวก

ในอุตสาหกรรมอาหาร โปรตีเอสใช้ในการปรับเปลี่ยนโปรตีนเพื่อปรับปรุงเนื้อสัมผัส ความละลาย หรือคุณค่าทางโภชนาการ เช่น ใช้ในการผลิตชีสเพื่อช่วยให้กะทิแข็งตัวและพัฒนารสชาติระหว่างการบ่ม ยังมีบทบาทในการทำให้เนื้อสัตว์นุ่มและในอุตสาหกรรมการผลิตเบียร์เพื่อป้องกันการเกิดตะกอนขุ่นจากคอมเพล็กซ์โปรตีน-โพลีฟีนอล

ในสาขายาและการแพทย์ โปรตีเอสใช้ในการกำจัดเนื้อเยื่อตายเพื่อส่งเสริมการสมานแผล รวมถึงอยู่ในอาหารเสริมเอนไซม์ย่อยอาหารเพื่อช่วยผู้ป่วยที่มีภาวะขาดเอนไซม์ นอกจากนี้ โปรตีเอสบางชนิดยังใช้ในงานวิจัยและเทคโนโลยีชีวภาพสำหรับการวิเคราะห์โปรตีน เช่น การเตรียมตัวอย่างสำหรับสเปกโตรเมตรีมวลหรือในเทคโนโลยีดีเอ็นเอรีคอมบิแนนต์เพื่อตัดโปรตีนฟิวชัน

ในอุตสาหกรรมหนัง โปรตีเอสช่วยในการกำจัดขนและทำให้หนังนุ่มโดยย่อยสลายโปรตีนที่ไม่ใช่คอลลาเจน ซึ่งเป็นทางเลือกที่เป็นมิตรต่อสิ่งแวดล้อมมากกว่าสารเคมีรุนแรง ความจำเพาะและประสิทธิภาพภายใต้สภาวะอ่อนโยนทำให้โปรตีเอสมีคุณค่าต่อกระบวนการอุตสาหกรรมที่ยั่งยืน

นอกจากนี้ โปรตีเอสยังใช้ในผลิตภัณฑ์ล้างเลนส์คอนแทคและซอสถั่วเหลืองหรือน้ำสลัด โปรตีเอสจึงเป็นเอนไซม์ที่มีความสำคัญและถูกประยุกต์ใช้ในชีวิตประจำวันอย่างกว้างขวาง