โปรตีเอส ถูกใช้อย่างแพร่หลายในหลายอุตสาหกรรม เนื่องจากความสามารถในการย่อยสลายโปรตีนเป็นเปปไทด์หรือกรดอะมิโนขนาดเล็ก ในอุตสาหกรรมสิ่งทอ โปรตีเอสใช้ในการฟอกผ้า ช่วยขจัดคราบโปรตีนและสิ่งสกปรกออกจากผ้า ทำให้ผ้าดูขาวสะอาดและลดการใช้สารเคมีรุนแรง ในอุตสาหกรรมอาหาร โปรตีเอสใช้ในการทำน้ำปลา ซีอิ๊ว และซอสต่าง ๆ โดยช่วยเร่งกระบวนการย่อยโปรตีนจากวัตถุดิบให้ได้รสชาติที่ดีและสุกสมบูรณ์ยิ่งขึ้น นอกจากนี้ยังใช้ในกระบวนการผลิตชีสและเนื้อสัตว์เพื่อปรับปรุงความนุ่ม ในอุตสาหกรรมเครื่องซักผ้า โปรตีเอสเป็นส่วนประกอบสำคัญในผงซักฟอกเหลวและผงซักฟอก ช่วยย่อยคราบเลือด ไข่ หรือคราบอาหารที่มีโปรตีน ทำให้ทำความสะอาดได้มีประสิทธิภาพมากขึ้น โดยเฉพาะที่อุณหภูมิห้องหรืออุณหภูมิต่ำ ในอุตสาหกรรมยาและสุขภาพ โปรตีเอสใช้ในการผลิตยาช่วยย่อย ยาลดการอักเสบ และใช้ในกระบวนการผลิตวัคซีนหรือโปรตีนรีคอมบิแนนท์ โดยช่วยตัดต่อโปรตีนเป้าหมายให้มีโครงสร้างที่ต้องการ นอกจากนี้ยังใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัย เช่น การแยกเซลล์จากเนื้อเยื่อในเพาะเลี้ยงเซลล์ หรือการเตรียมตัวอย่างโปรตีนสำหรับการวิเคราะห์ด้วยมวลสาร