Ser-Tyr β-naphthylamide ใช้หลักในการวิจัยทางชีวเคมีเป็นสารตั้งต้นสำหรับการศึกษา hoạt độngของเอนไซม์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งสำหรับโปรตีเอสและเปปไทเดส สารนี้ช่วยในการตรวจจับและวัดการไฮโดรไลซิสของเอนไซม์ต่อพันธะเปปไทด์ ทำให้มีคุณค่าในการทำความเข้าใจจลนศาสตร์และกลไกของเอนไซม์ สารประกอบนี้ยังถูกนำมาใช้ในขั้นตอนการวินิจฉัยเพื่อระบุและจำแนกเอนไซม์เฉพาะในตัวอย่างทางชีวภาพ การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงการคัดกรองตัวยับยั้งของเอนไซม์โปรตีโอลิติก ซึ่งช่วยในการค้นพบและพัฒนายา นอกจากนี้ ยังใช้เป็นเครื่องมือในการศึกษาเมแทบอลิซึมของโปรตีนและเส้นทางการย่อยสลายในสิ่งมีชีวิตต่างๆ