Arg-Arg beta-Naphthylamide Trihydrochloride ใช้หลักในการวิจัยทางชีวเคมีเป็นสารตั้งต้นสำหรับการทดสอบเอนไซม์ โดยเฉพาะมีค่ามากในการศึกษาเอนไซม์โปรตีเอส เช่น trypsin และ serine proteases อื่นๆ เนื่องจากสามารถปล่อยผลิตภัณฑ์เรืองแสงเมื่อถูกเอนไซม์ตัดขาด คุณสมบัตินี้ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีประโยชน์ในการตรวจสอบกิจกรรมและจลนศาสตร์ของเอนไซม์ในหลอดทดลอง นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนาการทดสอบวินิจฉัยเพื่อตรวจจับและวัดปริมาณกิจกรรมโปรตีเอสในตัวอย่างชีวภาพ การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงการวิจัยเภสัชภัณฑ์ ที่ช่วยในการคัดกรองและประเมินตัวยับยั้งโปรตีเอสที่อาจเป็นยารักษา ลักษณะเรืองแสงของสารนี้ยังเหมาะสำหรับใช้ในวิธีคัดกรองความเร็วสูง ทำให้การตรวจจับปฏิกิริยาเอนไซม์มีประสิทธิภาพและอ่อนไหว นอกจากนี้ยังช่วยในการศึกษาด้านชีวเคมีและเภสัชวิทยา โดยเฉพาะการวิเคราะห์กิจกรรมเอนไซม์โปรตีเอสที่เกี่ยวข้องกับการย่อยโปรตีน และการวิจัยโรคที่เกี่ยวข้องกับการทำงานผิดปกติของเอนไซม์ เช่น โรคมะเร็งและโรคทางระบบประสาท เพื่อเข้าใจกลไกและพัฒนายา