FMK-MEA ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการวิจัยทางชีวเคมีในฐานะตัวยับยั้งเอนไซม์ cysteine proteases ที่มีประสิทธิภาพสูงและไม่อาจย้อนกลับได้ การประยุกต์ใช้หลักคือการศึกษาบทบาทของเอนไซม์เหล่านี้ในกระบวนการทางชีววิทยาต่างๆ เช่น การตายของเซลล์ (apoptosis) การตอบสนองทางภูมิคุ้มกัน และการย่อยสลายโปรตีน นักวิจัยใช้ FMK-MEA เพื่อยับยั้งกิจกรรมของโปรติเอสอย่างเลือกสรร ช่วยให้สามารถตรวจสอบหน้าที่ของเอนไซม์ในเส้นทางเซลล์และกลไกโรค โดยเฉพาะในมะเร็งและโรคเสื่อมถอยของระบบประสาท นอกจากนี้ ยังเป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าในการค้นคว้ายาเพื่อระบุและตรวจสอบเป้าหมายโปรติเอส คุณสมบัติที่สามารถซึมผ่านเซลล์ทำให้สามารถใช้ได้อย่างมีประสิทธิภาพทั้งในการศึกษาในหลอดทดลองและในร่างกาย ทำให้เป็นสารเคมีที่หลากหลายในการวิจัยโปรตีโอมิกส์และเอนไซมวิทยา