เปปสตาตินถูกใช้เป็นสารยับยั้งเอนไซม์เพปซินและเอนไซม์โปรตีเอสชนิดอื่นๆ ที่ขึ้นอยู่กับแอสพาเทต ซึ่งมีบทบาทสำคัญในการศึกษากระบวนการย่อยสลายโปรตีนในเซลล์ โดยเฉพาะในงานวิจัยที่เกี่ยวข้องกับไลโซโซม ซึ่งเปปสตาตินช่วยป้องกันการสลายตัวของโปรตีนเป้าหมายระหว่างการสกัดและวิเคราะห์ นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยด้านชีววิทยาโมเลกุลและชีวเคมีเพื่อศึกษาหน้าที่ของเอนไซม์ที่เกี่ยวข้องกับโรค เช่น โรคอัลไซเมอร์ ซึ่งมีการเกี่ยวข้องกับการสะสมของโปรตีนที่ผิดรูป และยังมีการศึกษาเกี่ยวกับศักยภาพในการยับยั้งการเจริญเติบโตของไวรัสบางชนิด เช่น ไวรัสเอชไอวี เนื่องจากไวรัสเหล่านี้ต้องใช้เอนไซม์แอสพาเทตโปรตีเอสในการจำลองตัวเอง