E3 ligase Ligand-Linker Conjugates 41 ถูกนำมาใช้หลักๆ ในสาขาการเสื่อมสภาพโปรตีนแบบกำหนดเป้าหมาย (targeted protein degradation) ซึ่งเป็นแนวทางล้ำสมัยในการค้นคว้ายาและพัฒนาการรักษา สารเหล่านี้ถูกออกแบบมาเพื่อดึงดูด E3 ubiquitin ligases ไปยังโปรตีนเป้าหมายเฉพาะ ทำให้ถูกทำเครื่องหมายสำหรับการย่อยสลายโดย proteasome กลไกนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการแก้ไขโรคที่เกิดจากการแสดงออกเกินหรือการทำงานผิดปกติของโปรตีนเฉพาะ เช่น มะเร็ง โรคทางระบบประสาทเสื่อม และการติดเชื้อไวรัส

ในด้านการรักษามะเร็ง เช่น สารเหล่านี้สามารถถูกออกแบบให้ย่อยสลายโปรตีนมะเร็งที่ขับเคลื่อนการเจริญเติบโตและการรอดชีวิตของเนื้องอก ซึ่งเป็นทางเลือกที่อาจเกิดขึ้นแทนตัวยับยั้งแบบดั้งเดิม นอกจากนี้ยังมีการสำรวจการนำไปใช้ในการพัฒนา PROTACs (Proteolysis Targeting Chimeras) ซึ่งเป็นโมเลกุลสองหน้าที่ที่สามารถเลือกย่อยสลายโปรตีนที่ก่อให้เกิดโรค นอกจากนี้ การประยุกต์ใช้ยังขยายไปสู่การวิจัยพื้นฐาน โดยใช้เป็นเครื่องมือในการศึกษาฟังก์ชันโปรตีนและตรวจสอบเป้าหมายยา ผ่านการเหนี่ยวนำการย่อยสลายโปรตีนเฉพาะที่ควบคุมได้ในแบบจำลองเซลล์หรือสัตว์