E3 ligase Ligand-Linker Conjugates 37 ใช้หลักในการกลยุทธ์การสลายโปรตีนแบบกำหนดเป้าหมาย โดยเฉพาะในการพัฒนา PROTACs (Proteolysis Targeting Chimeras) โมเลกุลเหล่านี้มีบทบาทสำคัญในการดึงดูด E3 ubiquitin ligases ไปยังโปรตีนเป้าหมายเฉพาะ ทำให้ถูกทำเครื่องหมายสำหรับการสลายโดยระบบ ubiquitin-proteasome วิธีการนี้มีคุณค่าในการค้นคว้ายา โดยเฉพาะสำหรับโปรตีนที่ไม่สามารถยับยั้งด้วยยาธรรมดาหรือที่ดื้อยา มีการประยุกต์ใช้ที่เป็นไปได้ในการรักษาโรคเช่นมะเร็ง โรคทางระบบประสาทเสื่อม และการติดเชื้อไวรัส โดยการกำจัดโปรตีนที่ก่อโรคอย่างเลือกสรร ส่วนประกอบ linker ช่วยให้มั่นใจในตำแหน่งเชิงพื้นที่ที่เหมาะสมระหว่าง E3 ligase และโปรตีนเป้าหมาย เพิ่มประสิทธิภาพและความจำเพาะ