ซิซาไพรด์ใช้หลักในการรักษากลุ่มอาการผิดปกติของการเคลื่อนไหวทางเดินอาหาร เช่น gastroparesis (การเคลื่อนไหวของกระเพาะอาหารช้า), ท้องผูกเรื้อรัง และโรคกรดไหลย้อน (GERD) โดยออกฤทธิ์กระตุ้นกล้ามเนื้อในระบบทางเดินอาหาร ช่วยเพิ่มการเคลื่อนย้ายอาหารผ่านกระเพาะอาหารและลำไส้ ซึ่งช่วยบรรเทาอาการเช่น ท้องอืด เจ็บหน้าอกจากกรดไหลย้อน และการระบายกระเพาะล่าช้า เหมาะสำหรับผู้ป่วยที่ไม่ตอบสนองต่อการรักษาอื่นๆ อย่างไรก็ตาม เนื่องจากอาจมีผลข้างเคียงรุนแรง เช่น หัวใจเต้นผิดจังหวะ การใช้จึงถูกจำกัดและต้องมีการติดตามอย่างใกล้ชิดโดยแพทย์ มักสั่งใช้เมื่อการรักษาอื่นล้มเหลวและใช้ในระยะสั้นเท่านั้น นอกจากนี้ยังช่วยบรรเทาอาการคลื่นไส้และอาเจียนในผู้ป่วยบางราย