แอมโมเนียมแมกนีเซียมฟอสเฟตเฮกซาฮายเดรตใช้หลักในสาขาเคมีวิเคราะห์เป็นสารเคมีสำหรับการตรวจจับและวัดปริมาณไอออนฟอสเฟต มีบทบาทสำคัญในการวิเคราะห์ด้วยวิธีการตกตะกอนด้วยน้ำหนัก (gravimetric analysis) โดยช่วยตกตะกอนฟอสเฟตจากสารละลาย ทำให้สามารถวัดปริมาณฟอสเฟตในตัวอย่างต่างๆ ได้อย่างแม่นยำ สารประกอบนี้ยังใช้ในกระบวนการบำบัดน้ำเพื่อกำจัดฟอสเฟตส่วนเกิน ซึ่งหากไม่กำจัดอาจนำไปสู่ภาวะ eutrophication ในระบบนิเวศน้ำ นอกจากนี้ ยังนำไปใช้ในการผลิตปุ๋ยพิเศษ โดยทำหน้าที่เป็นแหล่งปล่อยแมกนีเซียมและฟอสฟอรัสแบบช้าๆ ซึ่งเป็นสารอาหารสำคัญสำหรับการเจริญเติบโตของพืช ในสาขาการแพทย์ ใช้ในการปรุงยาลดกรดบางชนิดและรักษาสภาวะที่เกี่ยวข้องกับความไม่สมดุลของฟอสเฟต ความสามารถในการก่อตัวโครงสร้างผลึกที่เสถียรทำให้มีประโยชน์ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการสังเคราะห์วัสดุขั้นสูงที่มีคุณสมบัติเฉพาะ