โพแทสเซียมอัลลิลไตรฟลูออโรโบเรต ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยาครอส-คัปปลิง เช่น ปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura ปฏิกิริยานี้จำเป็นสำหรับการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอน ทำให้มีคุณค่าต่อการผลิตยา สารเคมีเกษตร และวัสดุขั้นสูง สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นตัวแทนอัลลิลเลชันที่เสถียรและมีประสิทธิภาพ ช่วยให้สามารถนำกลุ่มอัลลิลเข้าไปในโมเลกุลที่ซับซ้อนได้ ความไวต่อปฏิกิริยาสูงและความเข้ากันได้กับตัวเร่งปฏิกิริยาต่างๆ ทำให้เป็นตัวเลือกที่ชื่นชอบในเคมียารักษาโรคสำหรับการสังเคราะห์สารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังถูกใช้ในการพัฒนาโพลิเมอร์และสารเคมีละเอียด ซึ่งต้องการการควบคุมโครงสร้างโมเลกุลอย่างแม่นยำ