มาร์กาท็อกซินถูกใช้เป็นเครื่องมือในการวิจัยทางชีววิทยา โดยเฉพาะในการศึกษาช่องไอออนโพแทสเซียมชนิดที่ไวต่อแรงดัน (voltage-gated potassium channels) ซึ่งมีบทบาทสำคัญในการควบคุมการกระตุ้นของเซลล์ประสาทและเซลล์ภูมิคุ้มกัน มาร์กาท็อกซินสามารถยับยั้งช่อง K⁺ ชนิด Kv1.3 ได้อย่างจำเพาะ ทำให้มันมีประโยชน์ในการศึกษาการทำงานของลิมโฟไซต์ T โดยเฉพาะเซลล์ T ชนิดที่เกี่ยวข้องกับโรคภูมิคุ้มกันบกพร่องต่อตนเอง เช่น โรคพุ่มพวง หรือโรคเบาหวานชนิดที่ 1 นอกจากนี้ มาร์กาท็อกซินยังถูกนำมาใช้ในการวิจัยเพื่อพัฒนายาที่มีเป้าหมายไปที่ช่องไอออน โดยช่วยให้เข้าใจบทบาทของช่องไอออนเหล่านี้ในกระบวนการอักเสบและโรคภูมิคุ้มกันผิดปกติ การยับยั้งช่อง Kv1.3 อาจช่วยลดการตอบสนองของภูมิคุ้มกันที่ผิดปกติได้ จึงมีศักยภาพในการนำไปพัฒนาเป็นยารักษาโรคที่เกี่ยวข้องกับระบบภูมิคุ้มกันในอนาคต