โปรโตพอร์ไฟริน IX ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในงานวิจัยทางการแพทย์และชีววิทยา เนื่องจากบทบาทของมันในกระบวนการสังเคราะห์ฮีม (heme biosynthesis) โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์ฮีม ซึ่งจำเป็นสำหรับการก่อตัวของฮีโมโกลบิน ไมโอโกลบิน และไซโตโครม

นอกจากนี้ โปรโตพอร์ไฟริน IX ยังถูกนำมาใช้ในทางการแพทย์ โดยเฉพาะในด้านการรักษาโรคมะเร็งด้วยวิธีการบำบัดด้วยแสง (Photodynamic Therapy - PDT) ในกระบวนการนี้ โปรโตพอร์ไฟริน IX ทำหน้าที่เป็นสารไวแสงที่สามารถถูกกระตุ้นด้วยแสงเลเซอร์หรือแสงที่มีความยาวคลื่นเฉพาะ เมื่อถูกกระตุ้นจะเกิดปฏิกิริยาที่สร้างออกซิเจนชนิดปฏิกิริยา (Reactive Oxygen Species - ROS) ซึ่งสามารถทำลายเซลล์มะเร็งได้อย่างมีประสิทธิภาพ

นอกจากนี้ ยังมีการใช้โปรโตพอร์ไฟริน IX ในการวินิจฉัยโรค โดยเฉพาะการตรวจหามะเร็งผิวหนังและมะเร็งในอวัยวะอื่นๆ เนื่องจากสารนี้สามารถสะสมในเนื้อเยื่อที่เป็นมะเร็งได้มากกว่าเนื้อเยื่อปกติ ทำให้สามารถใช้เป็นตัวบ่งชี้ในการตรวจสอบและติดตามผลการรักษาได้

ในด้านการวิจัย โปรโตพอร์ไฟริน IX ถูกใช้เป็นเครื่องมือในการศึกษากลไกการทำงานของเซลล์และการเกิดโรคต่างๆ รวมถึงการพัฒนายาและวิธีการรักษาใหม่ๆ ที่เกี่ยวข้องกับการใช้แสงและสารไวแสง