5-Methoxyindole-3-acetic acid ใช้หลักในการวิจัยชีววิทยาพืชเพื่อศึกษาการควบคุมการเจริญเติบโต โดยทำหน้าที่เป็นสารคล้ายออซซิน (auxin-like) ที่มีอิทธิพลต่อการยืดตัวและการแบ่งตัวของเซลล์ นอกจากนี้ยังใช้ในการศึกษาการเกษตรเพื่อเพิ่มผลผลิตพืชและความต้านทานต่อความเครียด ในงานวิจัยทางชีวเคมี สารนี้ทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์อนุพันธ์อินโดลอื่นๆ และยังมี ứng dụng ในการตรวจสอบเส้นทางการส่งสัญญาณฮอร์โมนพืชและผลกระทบต่อการพัฒนา สารนี้มีบทบาทสำคัญในการศึกษาเกี่ยวกับฮอร์โมนพืชและกลไกการส่งสัญญาณภายในเซลล์ นอกจากนี้ยังนำไปใช้ในการทดลองเพื่อวิเคราะห์ผลกระทบต่อการตอบสนองของพืชต่อสภาพแวดล้อมต่าง ๆ เช่น ความเครียดจากแสงหรืออุณหภูมิ ซึ่งช่วยให้นักวิจัยเข้าใจกระบวนการปรับตัวของพืชได้ดียิ่งขึ้น