น็อพพาลีนถูกใช้หลักๆ ในเทคโนโลยีชีวภาพพืชและวิศวกรรมพันธุกรรม โดยเฉพาะในการศึกษามะเร็งรากมงกุฎที่เกิดจาก Agrobacterium tumefaciens มันเป็นตัวอย่างสำคัญของโพพีน (opine) ซึ่งเป็นสารประกอบที่สังเคราะห์ในเนื้อเยื่อพืชที่ติดเชื้อและถูกใช้โดยแบคทีเรียเป็นแหล่งธาตุอาหาร เนื่องจากน็อพพาลีนและเส้นทางการสังเคราะห์ของมันถูกเข้ารหัสโดยยีนบนพลาสมิด Ti (tumor-inducing) จึงมีบทบาทสำคัญในการจำแนกสายพันธุ์ Agrobacterium และช่วงโฮสต์ของพวกมัน ยีนน็อพพาลีนซินเทส (nos) ยังถูกใช้ในชีววิทยาของโมเลกุลเป็นตัวบ่งชี้ที่เลือกได้หรือส่วนหนึ่งของระบบการแสดงออกยีนในพืชทรานส์เจนิก นอกจากนี้ บริเวณโปรโมเตอร์ของยีน nos ถูกใช้อย่างกว้างขวางในการขับเคลื่อนการแสดงออกแบบคอนสติทูทีฟของยีนต่างด้าวในการทดลองแปลงพันธุกรรมพืช