(R)-3-Methoxypiperidine ถูกนำมาใช้หลัก ๆ ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมในฐานะ chiral building block หรือสารกลาง (intermediate) ในการสังเคราะห์สารประกอบชีวภาพต่าง ๆ (bioactive compounds) ความจำเพาะทางสเตริโอเคมี (stereochemistry) ของมันทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนายาที่บริสุทธิ์ทางเอนานติโอเมอร์ (enantiomerically pure drugs) โดยเฉพาะในกระบวนการผลิตยาที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง (CNS agents) เช่น ยาต้านซึมเศร้า (antidepressants) ยารักษาโรคจิต (antipsychotics) และยาแก้ปวด (analgesics) กลุ่มเมทอกซี (methoxy group) และโครงสร้างวงแหวนพิพีรีดีน (piperidine ring) สนับสนุนให้สามารถโต้ตอบกับเป้าหมายทางชีวภาพ (biological targets) ซึ่งช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและความจำเพาะของยา (drug efficacy and selectivity) นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์ (organic synthesis) เพื่อสร้างโมเลกุลซับซ้อน โดยมักทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้น (precursor) ในการพัฒนายารักษาใหม่ ๆ (novel therapeutic agents) การประยุกต์ใช้ขยายไปสู่การวิจัย (research settings) ซึ่งใช้ในการศึกษาการโต้ตอบระหว่างตัวรับและลิแกนด์ (receptor-ligand interactions) และการเผาผลาญยา (drug metabolism)