(R)-2-(เมทอกซีเมทิล)ไพเพอริดีนไฮโดรคลอไรด์ เป็นสารประกอบที่ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในฐานะบล็อกก่อสร้างคีรอลหรือสารกลาง โครงสร้างของมันซึ่งมีวงแหวนไพเพอริดีนพร้อมกลุ่มเมทอกซีเมทิล ทำให้มีคุณค่าต่อการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น โดยเฉพาะในการพัฒนายา มักใช้ในการสังเคราะห์แบบอะซิมเมตริกเพื่อนำความคีรอลเข้าไปในสารเป้าหมาย ซึ่งสำคัญสำหรับการสร้างยาที่บริสุทธิ์ทางเอนแอนติโอเมอร์ นอกจากนี้ ยังสามารถทำหน้าที่เป็นลิแกนด์หรือตัวเร่งปฏิกิริยาในปฏิกิริยาเคมีบางชนิด เพื่อเพิ่มความเลือกและประสิทธิภาพ การประยุกต์ใช้ยังถูกสำรวจในเคมียารักษาเพื่อออกแบบสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพที่อาจเกิดขึ้น เช่น สารตัวแทนระบบประสาทส่วนกลาง (CNS) หรือตัวปรับตัวรับ