3,3-Difluoropiperidine-4,4-diol hydrochloride เป็นสารเคมีที่ใช้ในการวิจัยและพัฒนายา โดยเฉพาะในกระบวนการออกแบบและสังเคราะห์สารประกอบใหม่ที่มีศักยภาพในการรักษาโรคต่าง ๆ เนื่องจากโครงสร้างทางเคมีที่เฉพาะเจาะจง สารนี้มักถูกนำมาใช้เป็นส่วนหนึ่งของโมเลกุลเป้าหมายในการศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างโครงสร้างและฤทธิ์ทางชีวภาพ (structure-activity relationship, SAR) นอกจากนี้ยังอาจถูกใช้เป็นสารตั้งต้นหรือ intermediate ในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางเภสัชกรรมที่มีความซับซ้อนสูง โดยเฉพาะในกลุ่มยาที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาทหรือโรคทางเมตาบอลิซึม