3-Piperidinylacetonitrile hydrochloride ถูกนำมาใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารเคมีทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการผลิตยาที่มีฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง มันเป็นสารตั้งต้นที่สำคัญในการสร้างสารประกอบที่มีโครงสร้าง piperidine ซึ่งพบได้ในยาหลายชนิด เช่น ยาต้านอาการซึมเศร้า ยาต้านอาการวิตกกังวล และยารักษาโรคพาร์กินสัน นอกจากนี้ ยังมีการนำไปใช้ในการวิจัยทางเคมีเพื่อพัฒนายาใหม่ๆ ที่มีประสิทธิภาพสูงและผลข้างเคียงน้อยลง