(S)-2-(2-(Trifluoromethyl)phenyl)piperidine hydrochloride ใช้ในด้านการวิจัยทางเภสัชวิทยาและเคมีทางการแพทย์ โดยเฉพาะในการพัฒนายาต้านอาการทางจิตเวชและระบบประสาท เนื่องจากมีศักยภาพในการออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง สามารถใช้เป็นสารตั้งต้นหรือตัวกลางในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพที่มีฤทธิ์ต่อตัวรับในสมอง เช่น ตัวรับเซโรโทนินหรือโดปามีน ซึ่งอาจนำไปสู่การพัฒนายารักษาโรคซึมเศร้า โรควิตกกังวล หรือโรคทางจิตเวชอื่น ๆ นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาเพื่อประเมินศักยภาพในการเป็นสารต้านการอักเสบหรือสารต้านมะเร็งอีกด้วย