เมทิล เอ็น-ซีบีแซด-3-ไพเพอรีดีนคาร์บ็อกซิเลต ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม สารนี้ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการเตรียมสารชีวภาพหลากหลายชนิดและส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) สารนี้มักถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์อนุพันธ์ไพเพอรีดีน ซึ่งมีความสำคัญในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปยังระบบประสาทส่วนกลาง รวมถึงยารักษาโรคจิต ยาแก้ปวด และยาต้านชัก กลุ่มปกป้องเอ็น-ซีบีแซด (คาร์โบเบนซ็อกซี) ช่วยให้สามารถถอดกลุ่มปกป้องได้อย่างเลือกสรร ส่งผลให้ควบคุมเส้นทางการสังเคราะห์ได้อย่างแม่นยำ นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในเคมีเปปไทด์สำหรับการปรับเปลี่ยนกรดอะมิโนและเปปไทด์ เพื่อเพิ่มความเสถียรและ bioavailability ส่วนของเอสเตอร์ในโมเลกุลยังทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายสำหรับการแปลงเคมีเพิ่มเติม เช่น การไฮโดรไลซิสหรือการรีดักชัน เพื่อให้ได้ผลิตภัณฑ์ที่ต้องการสำหรับการประยุกต์ใช้ในเคมียารักษา