Ethyl 1-Boc-3-methylpiperidine-3-carboxylate ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารกลางสำคัญสำหรับการพัฒนาโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น โครงสร้างของมันซึ่งมีทั้งกลุ่มปกป้อง Boc (tert-butoxycarbonyl) และกลุ่มฟังก์ชันเอสเตอร์ ทำให้มีความยืดหยุ่นสูงในการวิจัยเภสัชกรรม มักใช้ในการสังเคราะห์อนุพันธ์ piperidine ซึ่งเป็นส่วนประกอบสำคัญสำหรับสารชีวภาพต่างๆ รวมถึงยาที่มีศักยภาพในการรักษาความผิดปกติทางระบบประสาทหรือพื้นที่บำบัดอื่นๆ กลุ่ม Boc ช่วยให้สามารถถอดออกได้อย่างเลือกสรร สนับสนุนการปรับแต่งโมเลกุลเพิ่มเติมในกระบวนการสังเคราะห์หลายขั้นตอน นอกจากนี้ กลุ่มเอสเตอร์สามารถถูกไฮโดรไลซ์หรือแปลงเป็นกลุ่มฟังก์ชันอื่นๆ เพิ่มประโยชน์ในการใช้ในเคมียารักษาและการค้นพบยาใหม่