(R)-3-Methoxypiperidine hydrochloride ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพที่ใช้ในการพัฒนายารักษาโรคระบบประสาทส่วนกลาง โดยเฉพาะโรคทางระบบประสาทและจิตเวช มันเป็นสารตัวกลางที่สำคัญในการผลิตสารประกอบที่มีฤทธิ์ทางระบบประสาท เช่น ยาต้านอาการซึมเศร้า ยารักษาโรคทางจิตเวช โครงสร้างแบบ chiral ของมันมีคุณค่าต่อการสร้างสารประกอบที่บริสุทธิ์แบบ enantiomerically ซึ่งช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและลดผลข้างเคียงของยา นอกจากนี้ยังถูกใช้ในการวิจัยเพื่อศึกษาการโต้ตอบของตัวรับและพัฒนาการรักษาใหม่สำหรับภาวะเช่น ซึมเศร้า วิตกกังวล และโรคเสื่อมถอยของระบบประสาท นอกจากนี้ยังมีบทบาทในการศึกษาด้านเคมีอินทรีย์และเคมีเภสัชกรรมเพื่อพัฒนากระบวนการสังเคราะห์ที่มีประสิทธิภาพมากขึ้น