(R)-1-N-Boc-Pipecolamide ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตเภสัชภัณฑ์และสารประกอบชีวภาพ โครงสร้างแบบ chiral ของมันทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนายาที่บริสุทธิ์แบบ enantiomer โดยเฉพาะในการสังเคราะห์อัลคาลอยด์และฮีเทอโรไซเคิลที่มีไนโตรเจนอื่นๆ กลุ่มปกป้อง Boc (tert-butoxycarbonyl) ช่วยให้สามารถถอดออกแบบเลือกเพศได้ ส่งผลให้เกิดปฏิกิริยาที่ควบคุมได้ในกระบวนการสังเคราะห์หลายขั้นตอน สารประกอบนี้มักใช้ในการเตรียม peptidomimetics ซึ่งเป็นโมเลกุลคล้ายเปปไทด์ที่ออกแบบมาเพื่อเลียนแบบโครงสร้างและหน้าที่ของเปปไทด์ธรรมชาติ ทำให้มีประโยชน์ในการค้นพบยาและเคมียารักษา นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสังเคราะห์โมเลกุลซับซ้อนสำหรับการวิจัยในด้านประสาทวิทยาและมะเร็ง