3-Methoxypiperidine hydrochloride ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมเป็นสารตั้งต้นหรือสารกลางในการสังเคราะห์ยาชนิดต่าง ๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกระบวนการผลิตสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพที่มีโครงสร้าง Piperidine ซึ่งเป็นโครงสร้างพื้นฐานที่พบในยาหลายชนิด เช่น ยาต้านอาการซึมเศร้า ยาระงับปวด และยารักษาโรคทางระบบประสาท นอกจากนี้ ยังสามารถใช้ในการวิจัยและพัฒนายาใหม่ ๆ เนื่องจากโครงสร้างของมันมีความยืดหยุ่นและสามารถปรับเปลี่ยนได้ง่ายเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพของยา