6-Methylpiperidine-2-carboxylic acid hydrochloride ใช้หลักในงานวิจัยเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลชีวภาพต่างๆ โครงสร้างของมันมีคุณค่าในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปที่โรคทางระบบประสาท เนื่องจากสามารถมีอิทธิพลต่อกิจกรรมของตัวรับในสมอง นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการเตรียมตัวเร่งปฏิกิริยาคีเรล (chiral catalysts) ซึ่งจำเป็นสำหรับการสังเคราะห์แบบอะซิมเมตริก (asymmetric synthesis) เพื่อผลิตสารประกอบที่มีเอนานติโอเมอร์บริสุทธิ์ ในเคมีการแพทย์ มันช่วยในการออกแบบตัวแทนบำบัดใหม่ โดยเฉพาะอย่างยิ่งสำหรับการปรับเปลี่ยนการทำงานของเอนไซม์หรือการจับตัวรับ