4-Methylpiperidin-4-amine dihydrochloride ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางเภสัชวิทยา โดยเฉพาะในกระบวนการผลิตยาที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาทส่วนกลาง เช่น ยาต้านอาการซึมเศร้าหรือยาระงับประสาท นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการศึกษาวิจัยทางเคมีเพื่อพัฒนายาใหม่ที่มีประสิทธิภาพสูงและมีความจำเพาะเจาะจงต่อเป้าหมายทางชีวภาพ